Obecnie jest to czwarty co do wielkości monastyr w Bułgarii, jednak w swojej historii wielokrotnie był niszczony. Założenie monastyru Klisurskiego datuje się na XIII wiek (1240 rok), czasy Drugiego Carstwa Bułgarskiego. Już na początku jarzma tureckiego, w 1396 roku, monastyr Klisurski zostaje spalony i zupełnie zniszczony. Jednak duch monastyru przetrwał we wspomnieniach i opowiadaniach miejscowej ludności. Opustoszałe miejsce było nazwane "Pusty Monastyr", a w dniach świątecznych ludność przychodziła tutaj w celu wykonania obrzędu "monastiriszte".

W XVII wieku sześć mnichów z innego zniszczonego monastyru w Bułgarii osiedliło się w tym miejscu z zamiarem odnowienia świątyni. Formujące się wtedy, w północno-zachodniej Bułgarii bunty wspomagające powstanie cziprowskie z 1688 roku, przeszkodziły temu dziełu. Buntownicy z miasta Berkowica po swojej porażce postanowili ukryć się u mnichów. Jednak Bej Berkowicy dowiedział się o tym i wysłał siły zbrojne, aby znalazły i ukarały buntowników. Ci widząc z daleka tureckie wojsko uciekli i schowali się w Starej Płaninie. Mnisi zostali i to właśnie na nich wylał się gniew Turków. Zostali oni zabici i spaleni 100 m od monastyru. W miejscu ich śmierci wyrosło sześć buków oraz wypłynęło źródełko, które okazało się posiadać właściwości lecznicze. Źródełko istnieje do dzisiaj i przypomina o zamierzchłych dziejach.

W 1869 roku młody duchowny Archimandryta Antim wspólnie z sześcioma bułgarskimi patriotami zajął się wskrzeszeniem świętego miejsca. Wykorzystując do tego środki odziedziczone po swoich rodzicach, młody mnich w krótkim czasie odbudował potężny monastyr. Zebrał wokół siebie bractwo mnichów i w ten sposób zapoczątkował tutejsze życie duchowne, które przetrwało do dnia dzisiejszego. Tutaj tez otwarto pierwszą szkołę w regionie.

W roku 1979 monastyr został ponownie odnowiony i przystosowany do przyjęcia licznie odwiedzających go turystów.

W monastyrze można nocować: nocleg 8lv/łóżko, pokoje są skromne, ale zadbane. O godz. 8:00 mnisi bija w dzwony i zapraszają na mszę. Na posiłek wybrać się można do restauracji przy monastyrze (jadają tam mnisi i inni mieszkańcy monastyru), lub odrobinę dalej do "ribarnika" - czyli do knajpki przy stawie z rybami,

Telefon do monastyru (można robić rezerwacje): +359 887 321 629; +359 886 560 612.